En MySQL 4.1 y superiores el sistema de contraseñas cambia, por lo que muchos programas orientados a versiones anteriores no funcionaran al no poder validar el usuario. Para solventar el problema se plantean dos escenarios, el primero es que el servidor use por defecto la autentificación con el sistema antiguo de claves, o bien cambiar solo aquellos usuarios que se usen con tales aplicaciones.

La primera opción es sencilla, solo deberemos editar el archivo my.ini y añadir “old-passwords” para que el sistema use las claves antiguas. Si tenemos usuarios previamente creados como root deberemos actualizar su clave para usar el sistema de claves antigua y a partir de aquí todos los usuarios creados usaran el mismo sistema de claves que se usa en MySQL 4.0

La otra opción que me parece más recomendable es solo usar el sistema de autenticación de MySQL 4.0 con aquellos usuarios que lo requieran. Para ello solo hemos de actualizar en la tabla de usuarios en la base de datos mysql la clave de el usuario que queramos usar con este sistema de claves

Para ello podemos usar la sentencia SQL

SET PASSWORD FOR ‘username’@'localhost’ = OLD_PASSWORD(‘password’);

O

UPDATE mysql.user SET Password = OLD_PASSWORD(‘password’) WHERE Host = ‘localhost’  AND User = ‘username’;
FLUSH PRIVILEGES;